二期规划250亩，建设面积近30万平方米，集科技孵化，食品、生物、电子信息、精密机械、新材料新能源及现代服务业的孵化培育与创业创新，突出聚集国内外科技型企业或科技研发机构。

分6个功能区：高邮地方拳头产品(高端装备制造、汽车零部件生产、电线电缆等)，新材料产业，食品加工业，通用中试平台，电子商务，中小企业创业总部。打造人才密集、技术密集、资本密集，集专业化孵化器、科技企业加速器、技术创新基地为一体创新型载体。