根据湿地公园现状，将湿地公园划分为五个功能区域，分别为：湿地保育区、恢复重建区、宣教展示区、合理利用区和管理服务区。

1、湿地保育区 ：湿地保育区规划面积2278.11hm2，位于湿地公园南部、西部及北部区域，包括全部内陆盐沼湿地、输水河及季节性河流湿地。主要开展内陆盐沼湿地生态环境保护、季节性河流及输水河水系保护、输水河护岸工程、动植物栖息地管护性保育及保护管理能力建设项目，同时开展湿地保育区科研监测项目。

2、恢复重建区：恢复重建区规划面积 98.18hm2，位于湿地公园东部，靠近腾格里沙漠区域。包括退化盐田及部分盐碱地。规划开展内容主要为盐田湿地生态系统恢复项目，恢复动植物栖息地多样生境。

3、宣教展示区：宣教展示区规划面积 132.43hm2，位于湿地公园东南部，为原盐场遗址盐池区域。秉承“人到宣教到”宣教理念，规划开展湿地科普展示、盐文化展示、土壤盐碱化治理展示、观景台和牌示系统建立等项目。

4、合理利用区：合理利用区规划面积 179.20 hm2，位于湿地公园东部，包括原盐场遗址的部分盐池区域及部分荒漠沙丘地。结合湿地特色及当地文化，开展生态观赏、盐田生境体验、湿地露营等生态旅游项目。

5、管理服务区：管理服务区规划面积3.44hm2，位于湿地公园东南部公园入口处。主要开展湿地公园管护站、游客服务中心及其配套设施建设及生态停车场建设，湿地公园生态保护和日常管理及接待服务工作。